### PO 2024 ###
### Studiengang und Semester
6BBT, 7BBTPV
### Modulbezeichnung
BigData Handling in Biology
### Englische Modulbezeichnung
BigData Handhabung in der Biologie
### Art
Wahlpflichtfach
### ECTS-Punkte
4
### Studentische Arbeitsbelastung
45, 90
### Voraussetzungen (laut Prüfungsordnung)
keine
### Empfohlene Voraussetzungen
Grundverständnis biologischer Stoffwechselwege
### Pruefungsform und -dauer
Erstellung und Dokumentation von Rechnerprogrammen (Studienleistung)
### Lehrmethoden und Lernmethoden
Praktikum
### Modulverantwortlicher
J.J. Reimer
### Qualifikationsziele
Die Studierenden können nach Abschluß der Praxiseinheit …
- Informationen aus verschiedenen biologischen Datenbanken heraussuchen,
- genomweite Daten analysieren,
- Ergebnisse von Transkriptions-Analysen mit "R" visualisieren 
Indem sie …
- qualifizierte Datenbanken anhand von hinterlegten Organismen differenzieren,
- Qualitätsanalysen von großen Datenmengen erstellen und interpretieren
- verschiedene Algorithmen aus unterschiedlichen Quellen heraussuchen, auf Ihre Anwendbarkeit miteinander vergleichen und schließlich die Daten damit verarbeiten und abschließend visualisieren
Um damit …
- vorhandene Informationen in Datenbanken miteinander vergleichen und prüfen zu können,
- Ergebnisse von genomweiten Analysen zu interpretieren
- Daten unterschiedlicher Quellen zusammenzubringen und neues Wissen zu erarbeiten
- Ergebnisse anderen zu vermitteln.
### Lehrinhalte
Nutzung verschiedener Datenbanken (NCBI, EBI, Solgenomics, ...), Recherche von Publikationen mit genomischen / transkriptomischen Daten, Nutzung von Galaxy, Qulitätsprüfung der Datensätze (FastQC), Aufbereitung der Daten (trimmomatic), Analyse der Daten (HiSat, Salmon, ...), Aufbereitung der Analyse-Daten mit Hilfe von R-Skripten
### Literatur
Skript der Vorlesung
### Titel der Lehrveranstaltung
BigData Handling in Biology
### Dozent
J.J. Reimer
### SWS
3 SWS